19世紀(jì)，博物學(xué)文獻(xiàn)首次對變色樹蜥進(jìn)行科學(xué)記載。法國動物學(xué)家弗朗索瓦?瑪麗?多丹（Fran?ois Marie Daudin）在 1802 年將其分類為飛蜥屬（Agama），并命名為 Agama versicolor 。后續(xù)，美國動物學(xué)家理查德?哈倫（Richard Harlan）、法國生物學(xué)家維克多?雅克蒙特（Victor Jacquemont）、印度生物學(xué)家約翰?愛德華?格雷（John Edward Gray）等學(xué)者對其分類進(jìn)行修訂，完善了對變色樹蜥在生物分類學(xué)上的認(rèn)知?，F(xiàn)代動物學(xué)著作深入剖析其生物學(xué)特性、生態(tài)習(xí)性，讓人們對這一物種有了更科學(xué)、全面的理解。
2024年，中國科學(xué)院成都生物研究所對中國分布的變色樹蜥種組進(jìn)行了厘定。研究團(tuán)隊(duì)發(fā)現(xiàn)，主要分布于廣西至福建的變色樹蜥種群與其他變色樹蜥種組有明顯的差異，是一未描述新種，遂將其命名為中國樹蜥。同時，該新種還描述了兩個亞種：中國樹蜥指名亞種和中國樹蜥雷公馬亞種，其中雷公馬亞種主要分布于海南島東南，尤其五指山一帶。
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